Usa la soluzione che ritieni migliore per l'utente. Se l'effetto di replace è brutto e non riesci a migliroarlo usa pure il display none.
In ogni caso la lentezza nel tuo caso dipende solamente da come hai strutturato la pagina.
Se carichi immediatamente solo il JS e CSS necessario al rendering vedrai che non ci si accorge nemmeno di quell'effetto.