ciao,
sarà brutto dirlo, e mi scuseranno i "puristi", ma in questo periodo di crisi e con quel po' di esperienza che ho maturato sul campo, ti consiglierei di "mettere in pausa" tutti questi dubbi: rischi di sollevare una questione per la quale potresti non essere pagato... il cliente incolperà la ditta, che incolperà te, che non sarai pagato a meno che tu non rimetta a posto tutto quanto, ovviamente al prezzo pattuito all'inizio.
Se le colpe non sono tue, e se quello che ti hanno chiesto è solo installare prestashop, perche' ti poni il problema adesso? Avresti dovuto farlo all'inizio.
Avresti dovuto gestire la cosa per tempo, ora la vedo un po' dura.
Adesso secondo me non è il caso sollevare questo problema: intanto fatti pagare per quello che hai fatto e per quello che ti hanno chiesto, e che non c'entra nulla con la SEO pura. A pagamento avvenuto, nella mail di ringraziamento potrai rilanciare (e rilanciarti) anche come esperto seo, inviando loro (ditta e/o cliente) la lista delle migliorie...
Scusa per la risposta "off-topic"...