Ciao.
Il post che hai segnalato è molto interessante ma sostanzialmente conferma l'impressione che avevo.
La de-indicizzazione non dipende dalla struttura della sitemap, che, anzi, aiuta a capire che sono stati cancellati gli url più vecchi.
Sul fronte dei contenuti duplicati un aggregatore deve stare particolarmente attento ma per il momento sembra tutto ok, solo qualche singola pagina, saltuariamente.
Quindi il problema è solo di gioventù: PR1, poco trust, pochi backlink