Ciao Bra_Mik,
secondo me la situazione che hai descritto non è potenzialmente pericolosa, anzi il contrario. Se hai una quantità tale di pagine con contenuti di basso valore, una diminuzione di visite è la miglior cosa che ti può capitare. Ora però se rimuovi questi correlati (indipendentemente se le togli dal robots.txt o dal codice dalla pagina o se le elimini) non ci guadagni nulla, perché togliere 4000 pagine non può far bene a nessun sito. Sarebbe la cosa giusta da fare se fossi stato penalizzato, quindi visite azzerate.
Piuttosto cerca di valorizzare queste pagine, aggiungendo dei plugin che rendano migliori queste 4000 pagine. L'ideale è comunque andare ad aggiungere contenuti, quindi immagini o video, ma mi rendo conto che è difficile. Se ancora non comprendi qual'è la migliore strada da seguire, prendi spunto dal colosso: amazon.it chiede ai propri visitatori di inserire TAG e recensioni sui singoli prodotti. Se ci pensi in questo modo ogni pagina di prodotto diventa unica, anche se quel prodotto con la relativa descrizione l'hanno già pubblicata altri mille E-Commerce. Ricordo che fino a qualche tempo fa chiedevano anche di caricare un video, solo che da noi i tempi ancora non sono maturi.