Se usi Windows, per non avere il limite delle 500 pagine puoi usare uno strumento off-line.
Ecco i tre che conosco che possono rispondere alla tua esigenza (gratis, senza limite di 500).
Visual SEO Studio
Personalmente penso sia migliore, ma ho sicuramente un preconcetto: sono l'autore.
La beta è stabile e non pone limitazioni. Di sicuro è testato con siti e-commerce con circa 30.000 pagine.
Permette di selezionare a priori i contenuti da esportare nella sitemap.
Nota: Devi dimostrare di essere amministratore del sito per crawl-arlo a velocità piena o comunque elevata.
Xenu
Il più noto dei tre. Nasce come semplice link checker, ma permette un'esportazione massiva di tutto quanto crawlato, senza permettere selezioni (se ben ricordo, è un po' che non lo uso).
Ha una crawlata molto efficiente e veloce (quindi attento a usarla sul sito di produzione, almeno non farlo quando c'è traffico, se temi possa mettere in crisi le risorse del server).
L'ultima versione è del 2010.
GSiteCrawler
Ha caratteristiche simili a Xenu, un po' meno efficiente.
Nasce proprio per le sitemap, ma è un po' vecchiotto (ultima release del 2007).
Nota: può richiedere d'essere lanciato come amministratore di macchina per funzionare correttamente su Vista/Win7(/Win8?).
Tutti e tre gli strumenti sono spider off-line che girano sotto Windows. Non pongono limiti significativi sul numero di pagine, ma necessitano di caricare tutti i dati in memoria (quindi il limite diventa la memoria del pc)
Se invece usi Mac, purtroppo di gratuito non so indicarti nulla.
Tool on-line invece non ne conosco (almeno, non senza limiti e gratuiti)
Spero d'esserti stato utile