Scusa... ero più fuso di quanto sospettassi.
Il problema è il seguente:
Il sito era precedentemente indicizzato dai motori con la struttura vecchia.
Improvvisamente tutti i link /ENG sono spariti (ma immagino tu abbia fatto un bel redirect 301 alla relativa pagina nuova).
Il nostro spider inoltre, vedrà pian piano che tutti i testi del sito .com sono stati modificati e gli dovrà dare un nuovo valore nelle serp.
In teoria dovresti vedere un calo progressivo in tutte le serp in italiano (e naturalmente visto che il sito è inglese).
Progressivo in quanto non verranno indicizzate tutte in colpo solo, ma poche per volta.
Di contro dovresti trovare un beneficio nelle serp inglesi in quanto dalla root del sito alla tua pagina c'è un link in meno da fare.
Dall'altra parte viene creato un sito .it clone del veccho sito.
Durante questo periodo di transizione (cioè fino a che i motori non avranno finito di indicizzare tutti e due), lo spider potrebbe vedere molti contenuti del sito .it come duplicata della pagina .com (fino a che non si sarà accorto che tutto in .com è cambiato).
La procedura più corretta, secondo me, sarebbe stata da fare in 2 fasi:
tenere l'inglese come /eng, e fare un redirect dell'italaino sul .it
quando il .it risultava indicizzato e l'italiano del .com usciva dall'indice spostare nuovamente tutto da /eng a /
Questo è un parere più che personale... non è da escludere che molte persone qui dentro potrebbero smentirmi.
Come hai detto tu stesso non hai rilevato fluttuazioni delle serp... ma hai lo svantaggio di dover ridare autorevolezza al .it praticamente da 0, mentre avresti potuto sfruttare quanto ottenuto dal .com in questi anni.