Ciao alfa038! L'opzione 3 è da escludere se si decidere di prendere la scelta 1 o 2.
Io opterei per la scelta 2 con il redirect 301 al sito italiano a meno che la versione /it del sito inglese non sia già ben posizionato (a scapito della versiona italiana). Nel caso la versione /it sia ben posizionata e il .it no, ti consiglio di fare l'opposto e quindi fare un redirect 301 dal dominio .it alla subdirectory /it.
Inoltre assicurati di ripuntare correttamente il menu di selezione lingua in base alla tua scelta. Non serve avere una voce di menu con scritto "Italiano" che mi porta alla subdirectory per essere invece reindirizzati al dominio .it.