Ciao, da quel che posso capire, per come è impostato il sito, anche con l'hreflang, per lo stesso prodotto nella stessa lingua si crea il duplicato.
Il problema è che, se è come penso, le pagine sono effettivamente duplicate e non è un errore di Google.
Per curiosità, qual è il motivo di dividere lo store in nazioni e non soltanto per lingue, se i prodotti sono gli stessi?
Comunque, forse una soluzione potrebbe essere quella di utilizzare differenti domini di terzo livello per ogni nazione, oppure d'impostare un canonical verso una pagina prodotto "principale".
Potresti indicarci il sito?