Grazie Federico per la veloce risposta.
Circa l'ultimo punto che descrivi:
Se la lingua predefinita fosse l'Italiano (e per un domino .it ha più che senso), gli URL della versione in Italiano potresti lasciarli così come sono risparmiandoti la migrazione verso /it/ e i tempi tecnici di re-indicizzazione, e tenere la versione Inglese in una sottocartella /en/
ti risponderei: "Magari!!".
Ci abbiamo già provato, ma nell'htaccess o nel Core di Magento (come scrivevo all'inizio), attivando il multilinguaforza la riscrittura dell'URL (aggiungendo il /it/ all'URL).
Grazie mille, a presto.