Ciao pandorastar,
Premetto di non aver mai avuto occasione di effettuare una migrazione come quella di cui porti l'esempio, tuttavia il mettere nella robot i file sorgenti di due CMS distinti mi sembra proprio un'idea da scartare a prescindere (pensa anche solo ad i file omonimi e ai conflitti di sovrascrittura, ecc).
Secondo me, dovresti prima di effettuare la migrazione spostare joomla in una directory e, solo in un secondo momento, migrare a wordpress.
Se vuoi un consiglio, lavora sempre con directory, mai direttamente nella root, sia per motivi pratici che, soprattutto, di sicurezza. per riscrivere le URL basta usare gli htaccess.