A parte la nomenclatura (di cui comunque ho preso un abbaglio perché non hai mai parlato di anchor text)
se non ho capito male quindi hai siti pensalizzati per l'utilizzo di # ?
Io lo utilizzo in molte pagine e non ho mai rilevato problemi.
Lo stesso webmaster tool di google ti segnala ad esempio che hai dei titoli duplicati per le pagina pg.php?par=val1 e *pg.php?par=val2 *(perché le vede come due pagine diverse), ma non ti segnala la duplicazione per pg.php e *pg.php#dest *(dove ne rileva invece una sola)