Per me la tua idea è valida.:)
La categorizzazione aiuta a livello seo perché riesci a specializzare le pagine per keyword più facilmente. Pensa ad esempio agli orologi, avere una pagina dedicata ad una categoria principale (tipo: dominio/orologi con title=orologi) aiuta sicuramente. Personalmente preferisco scendere di un solo livello con le sottocategorie, ad esempio:
categoria: gioielli
sottocategoria: gioielli >> bracciali
Fai attenzione ai menu e usa le briciole di pane.
Ai fini seo devi fare attenzione a non creare una struttura gerarchica eccessivamente profonda. Pensa ad un albero con le foglie, al percorso che devi fare per arrivare dal tronco alla foglia passando per i rami; è un po' come per le reti, quando devi raggiungere B da A passando da n nodi. Ebbene, ciò che conta è non soltanto la coerenza della struttura, ma anche la profondità, cioè quante (sotto-)categorie devi attraversare per arrivare al tuo item/prodotto.
Considera anche che avere url tropo lunghi non è un bene (quelli friendly includono spesso i nomi delle categorie), così come dovere attraversare molte pagine per giungere a destinazione (una regola di massima dice che devi potere raggiungere qualsiasi pagina in 3 clic al più).