dipende cosa fanno questi scripts
Se per esempio contenuti vengono aggiunti con javascript non va benne. Peggio ancora se vengono aggiunti dopo un evente fatto dal utente, e ancora peggio se le funzioni js si trovano in un file su cui googlebot non ha il diritto di acesso.
Voi farla semplice ? Va su google cerca il tuo sito, accedi a la versione in cache di Google, poi visualizza la versione "solo testo", cosi ti fai un idea dei elementi che Googlebot riesce a vedere. Se ci sono dei element importanti che non apaiano in questa versione allora un problema c'è