Il problema è innanzitutto comprendere come si intenda utilizzare e differenziare tag e categorie, in base al sistema di classificazione utilizzato. Ad esempio, su un blog di auto, potresti inserire categorie: monovolume, berlina ecc. ed usare i tag per i nomi o i modelli di vetture. Pianifica tutto a tavolino.
Se stai utilizzando blog wordpress esistono diversi sistemi (da plugin o da phpmyAdmin) per il restyling di categorie e tag, così puoi velocizzare le operazioni. Ricorda anche di effettuare i redirect 301 delle pagine tag o categoria eliminate, che magari ti portavano traffico o erano posizionate.