Se non ci sono notifiche dubito fortemente che abbia subito una manual penalty.
Il fatto che non lo segui però è già sufficiente per garantire un lento degrado. Negli anni la competizione aumenta e la rilevanza di un contenuto può modificarsi in base all'evoluzione di un tema nell'ecosistema di Google.
Verifica magari che essendo il tuo CMS molto vecchio non sia stato bucato o che abbia problemi infrastrutturali.