Probabilmente ti converrà adottare una strategia di compressione ed archiviazione direttamente sul server dei file in esso contenuti per esempio con GZ se fossero supportate (la maggior parte dei casi). Mi sembra che questi file siano riconosciuti da quasi tutti i programmi che gestiscono gli archivi.
C'è un tutorial della casa GT qui: giorgiotave.it/forum/scripting-e-risorse-utili/52-tutorial-funzioni-gz-con-php.html
I pregi di comprimere tutti i file sono sia ridurre la dimensione (almeno per quelli testuali) del trasferimento che permettere di non eseguire lo script contenuto per esempio nei file PHP o simili. Una volta che avrai il tuo archivio lo potrai salvare con il tuo download manager preferito se quello che usi non ti soddisfacesse.
Il difetto della soluzione è che se qualcuno venisse a conoscenza dell'indirizzo in cui è memorizzata la copia del tuo sito la può scaricare con eventuali dati sensibili in chiaro.
Personalmente proverei a comprimere una figura qualsiasi e vedrei se il programma di compressione riconoscesse GZ, poi se il test darà esito positivo procedi con tutto il dominio.
Per ulteriori approfondimenti su GZ rimando a Google.
Spero che ti possa essere utile.
