Più i motori di ricerca si avvicinano al comportamento umano e più i risultati saranno validi, ed è proprio questa meta che si prefiggono.
Partendo da questa premessa, più che dove sono messi il link per un motore, guarderei la pagina da un occhio umano, magari utilizzando diversi dispositivi, e senza dimenticare cosa fanno i big (tipo wikipedia).
I link di navigazione principali è utile che siano in alto, perché lì l'umano se li aspetta (ad esempio la root di un forum, l'argomento corrente, la sottocategoria ecc.) gli altri invece sono di intralcio soprattutto quanto si consulta una pagina con un dispositivo mobile (da non sottovalutare la facilità con cui potrà essere trasformata la pagina per questi ultimi).
Per quest'ultimo motivo trovo la soluzione di lorna_j valida, non perché la pagina sarà meglio indicizzata (che comunque non credo)
Per vedere come una pagina è facile da consultare e navigare basta visualizzarla senza stili e senza immagini (che è anche come la vede G)