Il tracking di GA (come tutti gli altri tracking non server based) può fallire se lo script non viene caricato (ad esempio se il sito è veramente pieno di contenuti lenti) o se lo script manca su alcune pagine.
GA consiglia di mettere il codice prima della fine del </Body>, ma nulla vieta di metterlo appena aperto il tag, in questo caso ci saranno meno possibilità di tracking "perso", ma il sito carichera leggermente più lento per gli utenti.