Il problema non è nella codifica ma nel lettore realizzato in flash.
Quello generato dal programma non serve...come hai gia visto ti ingloba tutto in un swf.
C'è un oggetto in flash che si chiama "FLV playback - Player 8" ed un altro "FLV playback Custom UI".
Il primo è più nuovo e ti permette di usare alcune nuove funzionalità.
L'altro è un custom che va trattato in modo diverso e puoi gestire a pezzi.
Tempo fa mi feci il mio player col custom ma credo che ci sono modi molto più semplici adesso con i nuovi player ed i nuovi oggetti perchè hanno delle proprietà native per estrarre dei dati tipo oggetto.buffer=true al posto di scrivere 10 righe di codice per ricostruirtelo tu.
Nel mio caso dovetti scrivermi un po di codice per gestire i flussi...mi studiai un po il codice facendo prove e alla fine ci riuscii.
Però, ti ripeto, nella sezione flash ti sapranno aiutare molto di più. Io non lo conosco benissimo