ci dovrebbe essere un modo per ristabilire tutte le permission di tutti i file in default. Su aruba c'è questa possibilità. Non so come si faccia sul sito del tuo fornitore.
Il rewrite si riferisce al cambio che hai fatto sulle opzioni di wordpress del permalink. Magari il tuo file .htaccess ha delle restizioni sul write e quindi quando vai a cambiare l'opzione dalle impostazioni WP di fatto non vanno in porto.
Quindi WP non riesce ad aggiornare il file di .htacess (che sta nella root del tuo sito) perchè probabilmente hai i permessi bloccati.
Puoi provare a salvarti il file .htacess e a cancellarlo per vedere che succede, ma fallo solo come ultima scelta.