Infatti è strano perchè al massimo nel database il tema salva le impostazioni, ma tu dici di aver modificato un file e quindi non c'entra. Comunque puoi tranquillamente cancellare le tabelle create dal tema. Poi quando lo reinstalli, lui le ricrea. Devi accedere al database tramite PhpMyAdmin (magari prima per sicurezza fai un backup).