Salve,
i custom post type possono essere utili se si vuole dare una formattazione diversa per una particolare collezioni di elementi.
Esempio: se nel tuo sito web vuoi che vi sia una pagina portfolio in quel caso potrebbe fare al caso tuo inserire nel tema un custom post type => portfolio al fine di gestire al meglio la visualizzazione sia del portfolio che delle normali news.
Nel caso che utilizzassi solo una categoria diversa i post relativi al portfolio andrebbero a finire anche nella pagina BLOG o NEWS del tuo sito, per evitare questo dovresti modificare la query del loop ogni volta che viene richiamata dal tema per escludere la categoria => portfolio; questo potrebbe essere davvero macchinoso quindi è più semplice gestire gli articoli della categoria portfolio con i custom post type.
Spero di essere stato chiaro, altrimenti chiedimi ulteriori informazioni
Saluti