Ciao Zenopagliai,
come ha detto Vnotarfrancesco la questione non è mai semplice. Di fatto, se un programma viene aperto in chiaro sul computer (sia che sia caricato da chiavetta, hard disk o ram disk) è molto probabile che vengano lasciate delle tracce che possono ricondurre all'esistenza, dettagli (eg: dimensione, formato...) se non addirittura ad intere parti del file in chiaro!
Di fatto, per essere sicuro al 100% dovresti conoscere l'esatto funzionamento di tutti i programmi che in modi sia diritti che indiretti interagiscono con quei file. Non sono un esperto nei campi della crittografia e della protezione dei dati elettronici, ma quando un file viene aperto sul computer e quindi "caricato" automaticamente potrebbe essere accessibile ad altri programmi.
Se questi programmi per qualsiasi motivo lo aprono, esaminano o analizzano (o compiono queste operazioni sul programma che tu hai creato) potrebbero di fatto depositare delle informazioni "aperte" sul disco rigido.
Vorrei ricordarti che, nell'ambito della protezione e tutela dei dati, oltre alla sicurezza (in questo caso crittografia) dei singoli file è molto importante anche la sicurezza e stabilità dei sistemi che li elaborano! Se i tuoi sono dati "domestici" un programma di criptazione ed un buon sistema di protezione (oltre che al buon senso) dovrebbero essere sufficienti, nel caso invece in cui la tua situazione abbia maggiori esigenze dovresti riflettere maggiormente su come gestire i tuoi dati ed eventualmente impostare il tuo sistema "ad-hoc".