Se posso dire anche io la mia che sto appena iniziando seriamente credo che sia più difficile elungo di quanto può sembrare e i punti in cui si trovano difficoltà sono molti.
Quando ti trovi a dover modificare il codice ( e ti assicuro che lo si fa perchè uscirà sempre qualcosa che non ci piace, che dobbiamo migliorare o che vogliamo adattare) non si può aspettarsi di farlo senza avere una minima infarinatura. Per quanto semplice possa essere utilizzare un sito non lo è altrettanto mettere mano al codice. Qualora fossi intenzionata a farlo, anche in futuro, credo che una soluzione come Joomla! più VirtueMart sia più che valida per un semplice motivo: ha una community di supporto molto molto disponibile, è RELATIVAMENTE semplice da personalizzare e ci sono moltissime guide e informazioni sparse per la rete (non solo in inglese ma anche in italiano). Inoltre utilizzando un CMS come Joomla! puoi in futuro estenderlo con nuove funzionalità, dalle più semplici come un captcha per i form, ad un blog, ad un interfacciamento con un gestionale, un CRM, ecc.
Dal punto di vista del codice io personalmente preferisco PHP all'ASP
Non farti ingannare dal fatto che sono soluzioni open source. Open source non vuol dire più scarso e soprattutto non vuol dire gratuito. Ci sono soluzioni open source molto valide e talvolta anche a pagamento come Magento o come alcune (e sono anche molte per varietà) estensioni per Joomla!.
Poi vorrei quotare Tomcat quando dice che "un atteggiamente alla "...e che ci vuole a fare un sito e-commerce" potrebbe portarti a perdere un bel po' di tempo.". Io aggiungerei che potresti spenderci anche dei soldi.
Se usi una soluzione open source in futuro potrai affidarti all'agenzia che vorrai: non sei legata ad un programmatore in particolare e potrai essere libera di andare dal più scarso, da quello medio o dal migliore. Ah, e pur essendo open source pagherai.
UN SITO NON é UN DISTRIBUTORE AUTOMATICO, ANZI!
Spero di esserti stato utile, ciao.