se non sbaglio il tutto dovrebbe esser gestito a livello Intrastat se siete operatori abilitati al VIES
www1.agenziaentrate.gov.it/servizi/vies/vies.htm
puoi controllare qua il tuo numero di partita iva
in questo caso faresti la fattura di solo 50 euro senza iva
sicuramente il commercialista ti darà maggiori dettagli.