Dipende, sostanzialmente, dai plugin che mettono le mani sul file .htaccess o dalle impostazioni che utilizzi.
Non è facile capire in quale punto stia l'incongruenza date le numerose possibilità. Ti consiglio di studiare a fondo la questione per poi eventualmente rivolgerti con domande più specifiche in parti del forum più specializzate, ad esempio la sezione Wordpress o la sezione Mod Rewrite.
Spero tu possa trovare qualcuno con esperienze abbastanza simili alla tua da poterti aiutare.
Non scoraggiarti, comunque, troppo: il posizionamento non dipende soltanto dal numero di url indicizzate e redirette.
Buona fortuna!
