Ciao io ho lo stesso identico problema da un po di tempo.
Al momento ho 1254 url 404, alcuni derivati da pagine inesistenti, altri senza derivazione: "collegato da: non disponibile".
Da due giorni a questa parte ho chiesto la rimozione di 200 url tramite la funzione "rimuovi url" (tutto fatto a mano:x).
Il risultato è che gli url sembrano essere stati rimossi, ma nella schermata degli errori sono ancora tutti presenti, anzi aumentano ancora.
Il sito l'ho realizzato con joomla e l'ho segnalato a google lunedì 31 gennaio. Ho inviato la sitemap attivato tutte le voci SEO compreso il mod-rewrite e cambiato il file htaccess. Da notare che ho bloccato sul robots.txt tutte le directory che dovrebbero contenere gli url incriminati.
L'ultima chicca è che la maggior parte di questi maledetti url (un buon 80%), risalgono al 2007!!! e sono del sito vecchio...mentre quello nuovo l'ho installato piu o meno 2 settimane fa.....
Qui serve l'intervento di un guru...