Ciao Phoenix,
la risposta è no, i pop-under non dovrebbero influire direttamente sul posizionamento; tuttavia possono intervenire negativamente sul lungo periodo.
Mi spiego meglio. Pensa a quanto peggiorerà l'esperienza dell'utente: quante persone in meno ti linkeranno? Di quanto aumenterà la frequenza di rimbalzo della pagina?
Considera poi che molti visitatori hanno strumenti per evitare l'apertura dei pop-under.
Prova, se vuoi, una sperimentazione su di un ristretto numero di pagine; verifica come cambia lo stile di navigazione sul sito e quante visualizzazioni riesci realmente a fare: non c'è miglior modo per misurare l'impatto della nuova pubblicità sul tuo sito stimando un rapporto costi/benefici.
Come ulteriore fonte, ti consiglio
Spero di esserti stato utile, in ogni caso resto a disposizione.
Buon lavoro!