I domini costano così poco che secondo me la terza soluzione è preferibile.
Dal punto di vista SEO tuttavia, le 3 soluzioni sono identiche, perchè sia le cartelle sia i sottodomini possono essere targettizzati su una nazione e Google li vedrebbe come se fossero domini diversi.
Poi per ogni sottocartelle o dominio di terzo livello si lavora per la link popularity specifica per la nazione servita. La dislocazione del server è forse l'ultimo parametro considerato in mancanza di altro, quindi non mi farei un problema simile lato seo. Può essere invece un fattore da considerare per la soddisfazione dell'utenza, perché ad esempio un server in un datacenter europeo è sicuramente preferibile rispetto ad uno americano per un utente tedesco.
Attenzione che la destinazione geografica non si può impostare per i ccTLD.
Valerio Notarfrancesco