Ciao sssimo,
se hai un annuncio AdWords con basso CTR questo non dovrebbe ad influenzare il tuo posizionamento Google. Uso il condizionale perchè sempre più spesso sento storie al contrario, cioè che Google "premierebbe" i grandi inserzionisti AdWords con un miglior ranking SEO.
Posto che è difficile credere davvero a questa storia, non ci sono elementi per poter affermare il contrario, cioè che vieni penalizzato se il tuo annuncio a pagamento non ha successo per cui non preoccuparti.
Diverso è il discorso dei diversi annunci che gestisci nel tuo account AdWords. Se hai cattivi risultati in un annuncio, tutto il tuo lavoro ne potrebbe risentire anche per quanto riguarda annunci differenti (se gestiti con lo stesso account ovviamente), perchè avrai un basso punteggio di qualità e di conseguenza prezzi più elevati per le tue keyword.