Ciao,
premetto che per darti un consiglio bisognerebbe conoscere bene la tua situazione cosa che farà il tuo commercialista.
Posso confermarti che con il regime agevolato non puoi detrarti nulla quindi non puoi usufruire del bonus affitti.
Per il resto se hai avuto regime agevolato nel 2007 e nel 2008 passi al regime ordinario, a giugno pagherai l'imposta sostitutiva irpef del 10% sul reddito 2007 e non dovrai versare nessun acconto per il 2008.
A giugno 2009 invece dovrai pagare tutto il saldo irpef 2008 e pagare il primo acconto per il 2009.
Tieni presente che passando al regime ordinario subirai una ritenuta del 20% sul ogni fattura che emetterai a titolo di acconto sull'irpef.
Fabrizio