In qualita di CTU tu sei un ausiliario del Giudice e hai potere certficativo circa quello che accade durante le riunioni da te tenute.
Questo comporta che, in linea di massima, potresti redigere gli estremi dell'accordo e le rinunce del caso nel verbale che normalmente fai firmare alle parti intervenute in una delle riunioni che tieni.
In teoria, però, la sede più opportuna per fare una transazione con rinuncia agli atti di una causa giudiziale è in udienza davanti il giudice stesso (c'è anche una forma di rinuncia agli atti per factia concludentia: nessuna delle parti si presenta in udienza, il guidice rinvia la causa ai sensi del 309 c.p.c., e se le parti non riassumono la causa entro i termini fissati, essa viene cancellata dal ruolo).
Quindi, a prescindere dai tuoi poteri discendenti dalla legge, visto che sei ausiliario del giudice, io lo contatterei e gli farei presente tale volontà transattiva delle parti.
Ti dico questo perchè, normalmente, a seconda del Foro in cui operi, e della cancelleria per la quale lavori, sono previste e ben accettate prassi diverse rispetto ad altre le quali, sicuramente, da un punto di vista formale sono tutte equivalenti.
ciao ciao