Immagino tu abbia già risolto.
Comunque è chiaro che non devi modifcare il modo di fatturare (anche perché non si può) in base a cosa fa il cliente.
Sottolineo una imprecisione in quello che scrivi, se fatturi con ritenuta e rivalsa previdenziale non sei una ditta individuale ma lavoratore autonomo (per cui deduco tu non sia iscritta alla Camera di Commercio).
Mi sembra di ricordare (non ho libri sotto mano al sabato mattina) che fatturando agli enti pubblici sia possibile versare l'IVA solo all'incasso anche se si è già emessa fattura.
Fabrizio