Non ci sono limitaizoni, la fattura le emetti sempre nello stesso modo inserendo nella descrizone acconto/antcipo per...
All'emissione del saldo metterei nella descrizione totale operazione - acconto versato il ... netto a pagare.
La caparra confirmatoria è un'altra cosa: serve per garantire il buon esito del contratto e non può essere considerata come un acconto.
Se la tua idea è quella di farti dare una caparra devi rilasiare una nota (non obbligo di fattura) e deve essere espressamente prevista dal contratto.