Ti confermo che Cufon a livello di SEO non dovrebbe dare problemi, ho usato lo script in diversi siti, soprattutto in aree importanti quali il menu principale ed i tag h1,h2,h3, e sono stati tutti indicizzati correttamente, compreso Google "Site Links".
Volendo si può trasformare i testi in flash con Sifr, ed in quel caso il problema dell'embedded non esiste, purtroppo è molto difficile da impostare (come ho detto prima), e presenta anche diversi bug. Forse però, visto che l'ho usato più di un anno fa, vale la pena controllare e vedere se i bug sono stati risolti.