no non verranno rimosse, ma non le indicizzerà più a meno che qualcuno non la linki dall'esterno.
Sostanzialmente non c'è garanzia a meno che tu non possa fare l'operazione direttamente inserendo NoIndex sulla pagina (e non puoi).
Quelle già indicizzate devi andarle a rimuovere direttamente in GWT poi lui non le dovrebbe ripescare (anche qui ci vuole il condizionale).
In ogni caso non te ne preoccupare eccessivamente, l'importante è che le pagine duplicate non siano molte in rapporto al sito, diciamo che nell'ordine di un 10% per me non incide assolutamente sulla valutazione del sito.
Maurizio ZioPal