E' tutto ok e non ti darà problemi mettere il codice delle pagine su uno spazio hosting e gestire il dns e il dominio presso un altro mantainer, anzi è una soluzione adottata da molti anche solo come piccolo inizio per garantire un'affidabilità maggiore.
Lo spazio hosting che ospiterà le pagine e il codice dovrà solo essere configurato per accettare le richieste http per il dominio in questione mentre dall'altra parte dovrai far puntare i dns verso l'ip del server che ospita le pagine.
Questo non crea assolutamente problemi né a Google né ad altri motori di ricerca.
Per quanto riguarda le registrazioni in Analytics e GWT, le farai sempre con il nome a dominio e non l'indirizzo ip perché appunto per Google dove risiede fisicamente il codice è irrilevante per la registrazione a questi servizi.
Se per caso gli account di Analytics e GWT non sono tuoi ma di un terzo, ad esempio il cliente finale, la soluzione migliore è farsi invitare alla gestione, ovvero il tuo cliente dal suo account Analytics e poi da quello GWT inviterà un altro account, il tuo, a visualizzare e gestire i suoi dati.
Valerio Notarfrancesco