Ciao,
continuo a sostenere che il tuo sito non abbia particolari problemi.
Ti ripeto che avere ben posizionate pagine interne è positivo non negativo.
Il SEO tende a posizionare diverse pagine per diverse keyword ottimizzandole anche nei contenuti.
E' molto difficile posizionare una unica pagina (nel tuo caso index) per molte parole chiavi, verremmo sicuramente superati da siti che hanno lavorato focalizzandosi sulle singole parole chiavi.
Non ho analizzato a fondo le tue pagine ma potrebbe anche essere che in precedenza avevi con un buon PR la index (per quanto abbia ancora valore il PR) ed avevano poco valore le pagine interne, ora invece quest'ultime magari hanno aumentato il loro valore ed ora sono ben posizionate essendo targettizzate su particolari parole chiavi.