Premetto che non uso Zen Cart e, da quello che ho capito, il modulo Seo Url non sia altro che un modulo che esegue un URL rewrite..
In ogni caso, ho visto che il sito è già presente nelle SERP Google con gli URL riscritti (testuali) quindi non avrebbe senso disattivare il modulo SEO URL.
Il warning che ti compare non è niente di pericoloso, avverte solamente che c'è più di un redirect, ma le pagine vengono indicizzate lo stesso.
Per quanto riguarda la possibile penalizzazione nel caso decidi di disattivare il modulo SEO, effettivamente potresti avere più di un problema.
Prima di tutto c'è il problema degli URL che vanno a sdoppiarsi per lo stesso prodotto: ad esempio la pagina delle cartucce Lexmark potrà avere indirizzo:
htt*://tuosito.it/index.php?cat=2&id=123
ed indirizzo
htt*://tuosito.it/cartucce_lexmark.htm
creando così contenuti doppi e conseguente penalizzazione di una delle pagine.
A questo potresti rimediare con un redirect 301, ma non credo sia semplice integrare ZenCart.
Il secondo invece non è un problema vero è proprio, più che altro un mancato bonus, nel senso che senza URL rewrite (che ormai è alla base di qualunque sito da ottimizzare) e quindi con gli URL numerici, partirai sfavorito rispetto ai tuoi concorrenti, sia perchè a Google piacciono di più gli URL testuali, sia perchè nell'URL ci sono le keywords, sia perchè un utente preferisce vedere un URL ben fatto che uno composto da una sequenza di caratteri alfanumerici.
Spero di esserti stato d'aiuto!
