ciao, quei due riferimenti function.include o function.main solitamente ci sono quando WP genera qualche errore.
Potrebbe essere che gli spider stessero analizzando il tuo sito nel mentre che tu stavi uppando dei file via ftp ( theme, o plugin ) e quindi il problema possa ricondursi a quello e non ad un problema permanente, dato che controllando le pagine funzionano senza problemi.