I file vanno creati in php, la home page la puoi creare in vari modi, sia lasciando le impostazioni di default sia impostando una pagina statica, in base alle impostazioni che hai usato puoi usare un file piuttosto che un altro, se guardi il link che ti ho messo puoi vedere in che sequenza vengono caricati i file nei temi di WordPress e che gerchia hanno, per esempio in una pagina statica front-page.php ha la precedenza su index.php, in base a questo puoi decidere di usare il file più opportuno.
Ciao
Enea