Supponendo che hai già, in questo momento, raggiunto le 100 pagine il controllo su is_404() restituirà false e quindi non ci sarà nessuna operazione di cui dovrai preoccuparti poiché il codice all'interno dell'if non verrà eseguito.
A parere mio il metodo che utilizzi per gestire la cosa è radicalmente sbagliato. Il codice di stato http 301 indica che la risorsa a cui si fa riferimento è stata definitivamente spostata è punta ad un altro indirizzo. Nel tuo caso il modo migliore per gestire la situazione è lasciare tutto così com'è. Il codice http 404 è quello giusto per indicare che una risorsa è attualmente non disponibile ma potrebbe esserlo in futuro.
Posso chiederti quali vantaggi ritieni ci siano nell'indicizzare i contenuti della paginazione? Te lo chiedo perché proprio di recente su un sito wp ho deindicizzato tramite il meta "noindex" più di 600 pagine di paginazione e ora mi è sorto questo dubbio.
Lo scenario tipico che si presenta per l'utente in un risultato di ricerca che mostra una pagina di paginazione (scusa il gioco di parole) è che una volta arrivato su tale pagina dovrà scorrersi i 16-20 risultati per individuare il testo cercato nel frattempo se va di fretta o magari è un utente distratto torna indietro o chiude il risultato pensando di essere arrivato su un sito non pertinente con il suo intento di ricerca.
Sono curioso di sapere se mi sbaglio o meno al riguardo e cosa ne pensano i più esperti.