La prima cosa che viene da pensare è che, per un qualche motivo, il tuo server non supporti SHA2 (fino allo scorso anno tutti i certificati rilasciati potevano essere indifferentemente SHA1 o SHA2, mentre adesso devono essere obbligatoriamente SHA2).
Per il resto, visto che non indichi il sito e quindi non si può fare nessuna analisi, si può solo tirare ad indovinare...