Se non è cambiata la legge, è fatto obbligo di registrazione di tutte le fatture ricevute, anche se errate nei contenuti o nelle forme. Penso che l'omissione di registrazione sia un reato penale (forse depenalizzato). Sta nella legge sull'IVA, mi pare il dpr 633 del 72, ma magari sbaglio.
Anche perché tu oramai la registrazione l'hai fatta, quindi al controllo incrociato non scappa
Se l'importo non è giusto, può emettere lui autonomamente una nota di addebito a te che avrai obbligo di registrare (se non andate d'accordo ci sono gli avvocati). Volendo, se effettivamente hai commesso un errore tu nell'importo, puoi emettere una nota d'accredito verso di lui così da regolarizzare le posizioni.
Comunque questo è quello che mi ricordo dalla mia esperienza lavorativa, non sono un commercialista attendi pareri più "sensati".