Per prima cosa va verificato che l'aumento istat sia inserito nel contratto e la relativa quota.
Per il calcolo la cosa è abbastanza facile, si prende il dato istat ufficiale (l'ultimo disponibile) alla data di inzio di ogni nuova annualità del contratto (esempio, contratto decorrenza 1 giugno 2009, l'istat dovrà essere calcolato a giugno 2010, giugno 2011, giugno 2012 e così via).
Sul sito dell'istat devi cercare "prezzi al consumo, indice per aggiornare affitti ecc..." (tanto per capirci questo è l'ultimo disponibile:
http://www.istat.it/it/archivio/30440
dei vari dati indicati devi prendere la variazione rispetto allo stesso mese dell'anno precedente, nel caso esposto il 3% e moltiplicarla per la percentuale indicata nel contratto di affitto, se per esempio nel contratto è indicato il 75% come aumento dovrai calcolare:
3% * 0.75 (75%) = 2.25% di aumento.
Ipotizzando un canone di 100? il nuovo canone sarà 100 + 2.25% = 102.25? mensili, il prossimo avrai 102.25 + nuova variazione percentuale e così via di anno in anno.
Dalla tua padrona di casa - in ogni caso - devi pretendere che sulla lettera che ti manda per l'aumento sia indicato quale mese ista è stato preso a riferimento e quale percentuale è stata applicata.
Se hai bisogno di altri chiarimenti chiedi pure.