Forse hai un po di confusione, scusa se te lo dico ...
Allora, le directory non chiedono tutte un link reciproco, poi ci sono quelle che lo chiedono obbligatorio e che sia messo per forza in home page e altre che lo richiedono obbligatorio ma non ha importanza la posizione, quindi detto ciò, ti consiglio di scegliere directory che non chiedono link di ritorno, oltre a scegliere quelle più importanti (se fai una ricerca in questo forum trovi molte discussioni a riguardo).
Per quanto riguarda i BL, il PR e l'Indicizzazione:
L'indicizzazione di una pagina non è che può aumentare o diminuire in base a dei fattori, se una pagina è indicizzata lo è e basta, se sucecde che non lo è più è perchè il sito è stato bannato. (NB: Indicizzazione non è sinonimo di Posizionamento)
Il numero di link lo ricevi sia se usi un link reciproco in home page, sia in una pagina diversa e sia se non userai il reciproco.
Un link non è deto che passi PR, in quanto bisogna vedere che tipo di politica usi il sito che linka.
L'importanza di un buon BL è averlo in un sito tematico e aumenta il suo peso se il sito è autorevole.
Se metti un link in xx siti verso il tuo e questi siti sono spammosi, il tuo sito risulterà di conseguenza legato a quelli, quindi sarai penalizzato anche tu.
Meglio avere un incremento stabile nel tempo dei BL, no 20 al giorno per 10 giorni e poi 0 per 12 mesi.
Con il 99% delle directory esistenti oggi, puoi arrivare ad un PR 2 o al massimo 3, risultato che potresti raggiungere ugualmente con un buon BL a tema.
Le directory ti aiuteranno in fase di strat-up, poi il lavoro lo devono fare i tuoi contenuti.
Spero sia più chiaro il concetto