Ho letto anche l'altra tua discussione.
Io farei così.
Per prima cosa identifico cosa mi genera quei backlink.
Da come sono fatti ipotizzo che nel codice ci possa essere qualcosa del genere
[html]
<a href="miosito.com">miosito</a>
[/html]
al posto di
[html]
<a href="http://miosito.com">miosito</a>
[/html]
Quindi correggo l'errore.
Infine, solo per le pagine non trovate che finiscono con miosito.com, e se il resto della URL è corretta, faccio un redirect 301 verso questa.