Risolto, si può chiudere.
Per altri utenti posto a seguire il codice che dal folder del plugin estrae i files da file.zip e li inserisce nella directory del tema.
register_activation_hook( FILE, 'my_theme_files_setup' );
function my_theme_files_setup(){
// Unzip files for my theme
require_once(ABSPATH .'/wp-admin/includes/file.php');
global $wp_filesystem;
WP_Filesystem();
$filename = 'file.zip';
$zip_from = get_home_path().'wp-content/plugins/my-plugin/'.$filename;
$zip_to = str_replace(ABSPATH, $wp_filesystem->abspath(), get_template_directory().'');
if(!unzip_file($zip_from,$zip_to))
{
}
