Hai configurato regolarmente i file .htaccess e wp-config.php come da istruzioni? Visto che il sottodominio è gestito via server mi viene il dubbio che tu abbia fatto le cose a metà limitandoti ad effettuare il network setup da WordPress senza però seguire tutte le istruzioni fornite.
Vedi anche codex . wordpress.org/Create_A_Network
P.S. Secondo me il tuo messaggio non va nella sottosezione dedicata ai plugin ma ovviamente sono i moderatori a deciderlo.