In questo momento la versione .htaccess contiene le impostazioni del secondo blocco, giusto?
Secondo me siamo sulla buona strada (76/100 per il tool online, 83/100 fatto tramite Firebug).
Proverei ad aumentare la durata di .js e .css, modificando da
# Set up 2 Hour caching on commonly updated files
<FilesMatch "\.(xml|txt|html|js|css)$">
ExpiresDefault A7200
Header append Cache-Control "proxy-revalidate"
</FilesMatch>
a
# Set up 1 week on commonly updated files
<FilesMatch "\.(xml|txt|html|js|css)$">
ExpiresDefault A604800
Header append Cache-Control "public"
</FilesMatch>
ed in realtà a mio avviso si potrebbe anche rendere più lunga la scadenza, ma mi sono attenuto proporzionalmente a quanto era stato impostato per gli altri file.
Il vero collo di bottiglia attuale della pagina (e quindi del punteggio) è però a mio avviso il fatto che le immagini relative agli annunci Premium vengono ridimensionate al volo dal browser, mentre dovresti cercare di servire miniature come fai per gli "Ultimi annunci".
Utile infine provare a creare sprite css, ma questo lo lascerei come ultima cosa.
Ci sono infine due file javascript che non vengono compressi:
ads/modules/templatecodes/scripts/compressed.js
ads/javascript/jquery/date_input/jquery.date_input.min.js
ma non so dirti il perchè.
Infine non so rispondere alla tua domanda iniziale, su chi abbia ragione, perchè come detto credo che in questo momento sia attiva la versione .htaccess non del programmatore.